气相色谱仪在医药行业的应用主要体现在顶空气相色谱法。顶空气相色谱法又称液上气相色谱分析，它采用气体进样，分析速度快，分析过程中无需用有机溶剂进行提取，对分析人员和环境危害小，操作简便，对柱子污染少，谱图简单，干扰峰少，是一种符合绿色分析化学要求的分析手段。

顶空气相色谱法在药物分析中的应用主要体现在：对中药芳香物质进行分析，在违禁药物检测和药物代谢动力学中的研究，对药物溶剂残留进行分析，在合成药物和天然药物制剂中溶剂残留的研究。

随着分析仪器的发展和分析技术的提高，顶空气相色谱在药物分析中的应用将会越来越广。