一、相对分子质量：

相对分子质量小于200的化合物，挥发性比较好，加热又不易分化的样品，可用气相色谱仪剖析。

相对分子质量在200～2000的化合物，可用液液分配色谱仪、液固吸附色谱仪和离子交换色谱仪剖析。

相对分子质量大于2000的化合物，可用凝胶色谱仪剖析。

二、溶解度：

水溶性样品最好用离子交换色谱仪和液液分配色谱仪剖析。

微溶于水，但在酸或碱存鄙人能很好电离的化合物，可用离子交换色谱仪剖析。

油溶性和非极性的样品，可用液固吸附色谱仪剖析。

三、化学构造：

样品中含有离子型或可离子化的化合物，或者能与离子型化合物相互作用的化合物（如配位体和有机螯合剂），可首要考虑用离子交换色谱仪剖析，但液液分配色谱仪和凝胶色谱仪也能剖析。