理想的固相萃取柱类型应该是内径和长度均较大。柱长加大，相应的塔板数则高，柱内径则大，进样后样品的原点则小（反映在柱子上就是样品层较薄），分离度变大。缺点是用内径较大的萃取柱需较多的硅胶和溶剂，增加实验成本。

现在常用萃取柱直径与长度比一般在1∶5～1∶10，固定相硅胶量是样品量的30～40倍。萃取柱较短内径较小，相应的塔板数则低，进样后样品的原点则大（反映在柱子上就是样品层较厚，样品层在固相萃取柱内小于0.5cm，各组分较容易完全分离），分离度变小。

如果所需组分和杂质分离度较大（所需组分分离度R＞1），使用硅胶较少、内径较小的萃取柱（例如200毫克的样品，2cm×20cm的柱子）；如果所需组和杂质分离度较小（所需用组分分离度R＜1），可以加大萃取柱内径，也可使用极性较小的淋洗剂等。