固相萃取柱压力可分为：减压、加压、常压。减压柱能够减少固定相硅胶的使用量，缺点有：第一，大量的空气通过硅胶会使溶剂挥发（有时在固相萃取柱外面有水汽凝结）；第二，可能会造成易分解物质的损失；第三，抽气泵的使用，会延长过柱萃取时间，增加噪音。

固相萃取柱加压是一种较好的使用方式，特别适用于易分解样品的分离。加压可以增加淋洗剂的流动速度，减少产品收集时间，缺点是：第一，减低柱子的塔板数；第二，压力过大，溶剂流速过快减低分离效果，所以柱加压在普通的有机化合物的分离中较适用。其他条件相同时，常压柱效率最高，但耗时，比如天然化合物的分离。